Fundación PUMA está organizada en cuatro niveles:

Estratégico, constituido por la Reunión de Fundadores y el Directorio, con el apoyo de la Unidad de Auditoría Interna y, al menos, de cuatro comités: el de Inversión, el Académico, el de Desarrollo de Activos, el de Auditoría y otros específicos que se organicen en función de los requerimientos institucionales.

El Directorio está integrado por siete miembros: 2 representan a los Fundadores, los gobiernos de Bolivia y Estados Unidos y 5 los directivos restantes son personas invitadas en representación de cinco sectores de la sociedad civil: campesinos, indígenas, académicos, empresarios e instituciones ligadas al tema ambiental.

Ejecutivo, integrado por la Gerencia General y la Coordinación General, que cuentan con el apoyo de las asesorías financieras y la Unidad de Gestión de Recursos (SIGER). El Gerente General participa en las reuniones de Directorio, pero sólo con derecho a voz.

Operativo, integrado por: a) tres direcciones, de Desarrollo de Capacidades (DDC), la del Sistema de Preparación, Monitoreo y Evaluación de Proyectos (DSIMEP) y la Administrativa Financiera (DAF) y, b) las Unidades Transversales, de Gestión del Talento Humano, de Asesoría Legal, de Comunicación y Relaciones Públicas y de Sistemas . Este nivel institucional es el encargado de viabilizar la implementación de los programas de cofinanciamiento a saber, Becas CI, Corredor Norte (CEPF II), Vilcabamba – Amboró, Fondo de Medio Ambiente (FMA), CIDOB, BID – FOMIN y otros convenios institucionales.

Descentralizado, para la gestión en el territorio a través de cuatro sucursales: a) PUMA Amazónica en la región amazónica de Pando; b) PUMA Norte, en la región Amazónica de La Paz y el sudoeste del Beni; c) PUMA Oriente, en los llanos y valles de Santa Cruz y d) PUMA Sur en el Chaco y Tarija.