Los orígenes de la Fundación PUMA datan de 1991, cuando Bolivia se convirtió en el primer país en presentar una propuesta para la reducción de la deuda con el Gobierno de los Estados Unidos bajo el Programa Empresa Iniciativa de las Américas (EIA). En noviembre de 1991, el Gobierno de Bolivia y el de los EE.UU. firmaron un Acuerdo Marco que estableció que la Cuenta EIA sea administrada por una instancia pública que canalice donaciones, en este caso, el Fondo Nacional para el Medio Ambiente (FONAMA). Basada en un plan de pagos, la Cuenta EIA recibió $US 20 millones en un periodo de 10 años y $US 1,8 millones en 15 años, reduciéndose la deuda boliviana con el Gobierno de los Estados Unidos en $US 371.900.000, es decir en un 81,8%.

Entre 1992 y 1997, FONAMA aprobó 123 donaciones por un total de $US 6.800.386 para un rango amplio de temas y actividades ambientales que incluían biodiversidad, educación, capacitación, agroforestería, conservación de suelos y calidad ambiental. Sin embargo, después de sus primeros años de operación los procesos de revisión y aprobación de proyectos y de desembolsos se tornaron tan difusos y burocráticos, que determinaron costos operativos altos y un deterioro en la calidad del apoyo técnico y administrativo para proyectos. Además, las debilidades en la formulación de los proyectos; la participación limitada de los beneficiarios; la inadecuada atención a la sostenibilidad; la migración de los beneficiarios; los problemas técnicos y los sistemas de monitoreo, evaluación, y seguimiento aplicados, limitaron el impacto acumulativo a largo plazo de las donaciones de la Cuenta EIA.

El año 2000, a raíz de estos problemas, ambos gobiernos modificaron el Acuerdo Marco, trasladando la administración de la Cuenta EIA a una fundación privada por establecer. En 2002, la Cuenta EIA, con alrededor de $US 17,5 millones, fue transferida a la Fundación PUMA. En 2003, la Fundación PUMA comenzó formalmente sus operaciones como donante en el área del desarrollo sostenible y administrador de la Cuenta EIA. Sin embargo, Fundación va más allá de la simple administración de los recursos de la Cuenta EIA y apunta a apalancar aproximadamente $US 33 millones en recursos adicionales para el desarrollo sostenible, e invertir en proyectos productivos que contribuyan a “cambiar la relación entre el ser humano y la naturaleza para sustentar a ambos en beneficio mutuo”.